Interactieve Fylogenetische Levensboom (Ptree)

Informatiebronnen

De tool maakt gebruik van diverse gespecialiseerde databases voor taxonomie, afstamming en microbiologie:

Taxonomie

  • GBIF: Classificatie van koninkrijk tot soort voor biodiversiteitsobservaties.
  • COL: Geaccepteerde soortnamen en synoniemen voor alle vormen van leven.
  • ITIS: Overheidsreferentie voor het koppelen van records via wetenschappelijke namen.

Afstamming (Descent)

  • OTT: Synthese van evolutionaire vertakkingen uit diverse fylogenetische bomen.
  • EOL: Taxonomische hiërarchie voor het combineren van beschrijvingen, media en eigenschappen.
  • NCBI: Organismen die zijn benoemd en gegroepeerd voor DNA- en proteïnerecords.

Microben

  • GTDB: Bacteriën en archaea gegroepeerd op basis van genoomgebaseerde afstamming.
  • ICTV: Internationaal geratificeerde namen en rangen voor virussen.
  • SILVA: Bacteriën, archaea en eukaryoten gegroepeerd op basis van ribosomaal RNA.

Specialismen

  • WFO: Gepubliceerde plantennamen, opgelost volgens botanische regels.
  • PBD: Fossiele taxa georganiseerd naar geologische ouderdom en locatie.

Analyseerbare Kenmerken

Ptree biedt de mogelijkheid om diverse biologische en ecologische eigenschappen (kolommen) te analyseren. De beschikbare parameters en hun waarden omvatten:

Microbiologie en Chemie

  • Gramkleuring: Gram-negatief, Gram-variabel, Gram-positief.
  • Risicogroep: Risicogroep 1, 2 en 3.
  • Temperatuur: Van -65 °C tot 105 °C.
  • pH-waarde: Van 0 tot 14.

Levenscyclus en Ontwikkeling

  • Voortplantingsfrequentie: 0,05 tot 500 per jaar.
  • Rijpheid: 0,1 dag tot 60.000 dagen.
  • Levensduur: 0,01 jaar tot 15.000 jaar.
  • Ontwikkelingstijd: Embryo, juveniel (bijv. 2.000 dagen).
  • Aantal nakomelingen: 0,05 tot 300M.
  • Massa van nakomelingen: 10 ng tot 3.000 kg.
  • Ouderlijke zorg: Geen, aanwezig, bescherming, voorziening, broeden, maternaal, paternal, biparentaal, coöperatief.
  • Ontogenese: Direct, larvaiër, eieren leggen, levendbarend, altriciaal, semi-precociaal, precociaal.

Voortplanting en Seksualiteit

  • Geslacht en paring: Gescheiden geslachten, gecombineerde geslachten, sequentieel, gemengd, monogam, non-monogam, polygyn, polyandrous, promiscuous.
  • Voortplantingswijze: Aseksueel, alternerend, seksueel, semelparous, iteroparous, intern, extern, broodparasitair.

Morfologie en Fysiologie

  • Vorm: Langwerpig, taps, rond, plat, gebogen, spiraalvormig, vertakt.
  • Constructie: Zacht, intern, extern, aragoniet, calciet, fosfatisch, siliciumhoudend, organisch.
  • Beweging: Stationair, drijvend, facultatief, grondbewonend, klimmend, grazend, zwemmend, vliegend, mobiel.
  • Voeding: Fotosynthetisch, chemosynthetisch, absorptief, herbivoor, omnivoor, predatorisch, parasitair, filterend, detritaal.
  • Ademhaling: Anaeroob, zuurstofarm, flexibel, aeroob.
  • Organisatie: Enkeling, groep, koloniaal, klonaal, symbiotisch.

Habitat en Ecologie

  • Eerste fossiel: 0,01 Ma tot 4.000 Ma.
  • Setting: Oceaan, kust, zoet water, wetland, land, gastheer, gebouwd.
  • Positie: Open, oppervlakte, begraven, aangehecht, verhoogd, intern.
  • Verticale range: Diepte (tot 11.000 m), hoogte (9.000 m tot -500 m).
  • Klimaat: Nat tropisch, seizoensgebonden droog, montaan, aride, tropisch, subtropisch, gematigd, koud.
  • Dagcyclus: Diurnaal, crepusculair, nocturnaal, cathemeraal, gemengd.
  • Lichtwaarneming: Blind, waarneming, oriëntatie, beeldvorming.
  • Verspreiding: Endemisch, inheems, beheerd, geïntroduceerd, genaturaliseerd, invasief.

Behoud en Populatie

  • Gebruik & Handel: Voeding, medicijn, ornament, materiaal, service, geobserveerd, gecontroleerd, beperkt.
  • Conservatiestatus: Least Concern, Near Threatened, Vulnerable, Endangered, Critically Endangered, Extinct in the Wild, Extinct, Data Deficient.
  • Populatietrend: Dalend, stabiel, stijgend.

Fysieke Metrieken

  • Lineaire omvang: Worteldiepte (tot 50 m), lengte (tot 200 m, vanaf 0,5 µm).
  • Massa: 0,1 pg tot 1.000 t.
  • Volume: 0,001 µm³ tot 1.000 m³.
  • Nichebreedte: 0,22.
  • Droogteresistentie: -15 MPa tot 0 MPa.
  • Bladeconomie: Oppervlakte/massa (700 mm²/mg), stikstof (80 mg/g).
  • Gasuitwisseling: Efficiëntie (180 µmol/mmol), flow (2.000 mmol/m²·s).
  • Groeivorm: Boom, struik, onderstruik, kruid, gras, klimplant, succulent, geofyt.
  • Persistentie: Eenjarig, tweejarig, overblijvend, bladverliezend, semi-bladverliezend, groenblijvend.

Biologische Interacties

De tool brengt diverse complexe interacties tussen soorten in kaart:

Voeding (Feeding)

  • Consumptie: Eten door / eet, gepredereerd door / predeert op, gedood door / doodt.
  • Voedselverwerving: Voedsel gestolen door / steelt voedsel van.
  • Voeding: Gevoed door / voedt, trofisch interactie.
  • Landbouw: Gefarmd door / farmt.

Parasitisme (Parasites)

  • Algemeen: Parasiteert op.
  • Endoparasieten: Leeft binnenin.
  • Ectoparasieten: Leeft op.
  • Wortelparasieten: Wortelparasiet van.
  • Hemiparasieten: Hemiparasiet van.
  • Parasitoïden: Parasitoïde van (onderverdeeld in endo- en ectoparasitoïden).
  • Hyperparasieten: Parasiteert een parasiet.

Ziekte en Transmissie

  • Pathogenen: Infecteert, wordt gedragen door / draagt.
  • Reservoirgasten: Reservoir voor.

Symbiose en Gastheerschap

  • Gastheerschap: Wordt gehost door / host.
  • Symbionten: Mutualisten, commensalen (commensaal van).
  • Bewoning: Wordt bewoond door / bewoont (zowel extern als intern).
  • Gasten: Gast van.
  • Mycorrhizae: Host voor ectomycorrhizae of arbusculaire mycorrhizae.
  • Epifyten: Groeit op.

Bloemen en Verspreiding

  • Bestuiving: Bloemen bezocht door / bezoekt bloemen van, bestoven door / bestuift.
  • Verspreiding: Verspreid door / verspreidt.

Habitat en Nabijheid

  • Leefomgeving: Habitat voor / leeft in, habitat gecreëerd door / creëert habitat voor.
  • Rustplaatsen: Rustplaats voor / rust in.
  • Interactie: Bewoond door / bewoont, leeft nabij, leeft onder / wordt bewond door onder, bezocht door / bezoekt.
  • Co-existentie: Rust samen met, komt samen voor met, grenst aan.

Overige Associaties

  • Ei-afzetting: Eieren gelegd op door / legt eieren op, eieren gelegd in door / legt eieren in.
  • Allelopathie: Beïnvloed door allelopathie / allelopathisch tegenover.
  • Ecologie: Ecologisch verwant aan / interacteert met.